بودجه سازمان امور مالیاتی کشور و واحدهای استانی ذی ربط هر سال به صورت متمرکز در ردیف جداگانه ای در قوانین بودجه منظور وبه طور صد در صد(۱۰۰%) تخصیص یافته تلقی می شود وجهت انجام هزینه های جاری وتملک دارایی های سرمایه ای ستاد سازمان و واحدهای استانی در اختیار سازمان مزبور قرارداده می شود.